古墓丽影9研究基地关卡的通关核心是先拆除升降梯的四个齿轮解除机关封锁，再清理区域内敌人、完成收集与解谜，最后通过水位与箱子机关抵达出口，全程以潜行暗杀为主、灵活利用场景道具降低战斗难度。
进入研究基地后直接抵达二层升降梯区域，按下控制台按钮降下升降梯，此时会触发齿轮卡壳的机关，按顺序拆除四个齿轮即可解锁后续路径。第一个齿轮在二层右侧堆叠的箱子上方，靠近升降梯边缘，直接用撬斧撬下，升降梯会小幅下降；接着进入升降梯内部，从后方窗口跳到楼梯，前往三层启动控制台将升降梯升回三层，再绕到电梯井后方的岩壁，攀爬至上方平台拆除第二个齿轮；随后前往四层，用霰弹枪轰开电梯井右下方的木栅障碍，再按控制台召唤升降梯，在升降梯上升过程中快速跳上平台，从缺口跃出抓住外侧岩壁，向左攀爬至小平台拆除第三个齿轮；最后返回三层，找到控制台旁的竖梯，爬至上方平台拆除第四个齿轮，四个齿轮全部拆除后，升降梯会彻底坠落至底层，一层的核心通道随之打开。
研究基地内敌人分布密集，包含巡逻兵、固定岗哨与机枪手，全程优先采用弓箭暗杀，避免正面硬刚消耗资源。初始走廊有两名巡逻兵，躲在掩体后逐个爆头；办公室区域的敌人多背对入口，可从侧方潜行接近，用弓箭精准击杀；二层探照灯区域要留意灯光移动轨迹，趁灯光移开时快速穿过阴影，同时破坏探照灯避免触发警报；遇到聚集的敌人，优先射击场景内的油桶与瓦斯阀门，利用范围爆炸快速清场；若被敌人发现，立即退回掩体或阴影处，等待敌人警戒解除后再重新潜行，战斗时优先解决持炸弹与盾牌的敌人，防止被范围攻击或正面压制。
通关过程中可同步完成收集与挑战，不影响主线流程还能获取奖励。区域内有两件关键遗物，周朝战盔藏在底层水边铁门后，用榴弹炸开铁锁即可获取，祭典头盔位于三层文档室附近的秘宝箱中，靠近办公桌即可找到；挑战太阳杀手需要击落五个图腾，分别分布在走廊天花板、办公室窗外、电梯井附近、一层通道与废墟栅网处，用弓箭射击即可击落；此外二层角落箱子内有藏宝图，能标记区域内所有秘宝位置，三层蓝色铁桶上有文档可收集，底层水闸附近还有材料箱与定位秘宝，收集时顺路探索即可，无需额外绕路。
升降梯解锁、敌人清理完毕后，从一层通道进入基地核心水域区域，沿电线找到电源开关，关闭电源后区域内水位下降，露出水面上的浮动箱子。将浮动箱子推至对面平台下方，调整位置后跳跃到箱子上，再借力跳上对面平台，沿路径前进即可抵达出口。过程中注意避开残留敌人，若遇到突袭可利用水域掩体周旋，用弓箭快速解决，抵达出口后触发剧情，即可完成古墓丽影9研究基地的全部关卡流程。
