玩家将从妙蛙种子、小火龙和杰尼龟这三只属性各异的精灵中选择每只精灵的种族值、属性克制关系以及进化路线都存在显著差异，这一初始选择将很大程度上决定前期挑战道馆的难度曲线。由于选择后无法更改，且初始精灵在剧情战斗中的出场频率很高，因此需要玩家根据自身的战术偏好进行审慎决策，虽然游戏中期存在获取其他初始精灵退化形态的可能性，但时间较晚且过程繁琐，这使得开局选择具有相当的不可替代性。
选择小火龙意味着选择了以高攻击成长为特点的速攻路线。小火龙作为火系代表，拥有出色的攻击潜力，其最终进化形态喷火龙凭借高速和高攻击力在后期战斗中表现突出，并能学会火焰喷射等威力可观的技能，进化后获得的飞行属性也为其带来了战术上的灵活性。选择小火龙开局将面临明确的挑战，因为游戏前两个道馆分别为岩石系和水系，都对火系属性存在克制，这使得前期推进过程可能较为艰难，玩家必须通过捕捉电系或草系精灵来弥补队伍的属性短板，从而平稳度过游戏初期。
选择妙蛙种子则被认为是开局较为稳健平滑的选择。妙蛙种子具备草和毒双属性，这使其在对抗第一个岩石系道馆和第二个水系道馆时能占据明显的属性优势，其技能池中包含如寄生种子等控场技能，能有效消耗对手并控制战斗节奏。妙蛙种子的最终进化形态妙蛙花拥有良好的综合耐久能力，可以在队伍中承担可靠盾牌的角色。妙蛙种子同样存在打击盲点，其在对抗中期可能遇到的飞行系和火系对手时会显得乏力，因此需要在队伍中搭配岩石系或电系精灵来应对这些威胁。
选择杰尼龟将围绕水系属性和高防御构筑战术。杰尼龟的水系属性能够有效克制第一个岩石系道馆，其进化链最终形态水箭龟以出色的防御能力著称，能成为队伍中坚实的物理屏障，并且能学习高压水泵等爆发力强的技能。水箭龟的成长曲线较为稳定，但需水系属性使其在面对电系和草系技能时较为脆弱，在游戏进程中需对此保持警惕。
