天云峠湖底恢复的关键在于完成石板解谜和迷宫机关操作。首先需要在天云峠湖周围找到四个石板，主石板位于天云峠最高处，其余三个分布在环形山下坡位置。每个石板旁都有火炬作为方位提示，根据石碑线索异相需共照的指引，将未点亮的石板踩亮，已点亮的石板踩灭。具体操作是按九宫格排列点亮1、3、5、9号位置，即可触发降水机关使湖水首次下降。
水位首次下降后，从露出的洞口进入湖底区域，击败三个机兵守卫后启动内部机关，水位会再次下降。迷宫入口显现，需注意迷宫内存在红、黄、蓝三种颜色的机关门，每种机关有横竖两种状态。红色机关控制红色门，黄色机关控制黄色门，蓝色机关控制蓝色门。横状态时部分门开启，竖状态时开关状态相反，需合理调整机关状态才能通过。
迷宫探索过程中需跟随三个仙灵指引。第一个仙灵需引导至红色屏障后，通过楼梯交互红色机关；第二个仙灵需引导至黄色屏障区域，通过切换黄色机关状态开路；第三个仙灵需引导至蓝色屏障前，配合红蓝机关状态调整。每个仙灵就位后都会解锁对应区域，最终引导全部仙灵归位可开启核心机关。
完成全部解谜后，湖底水位完全消退，可获取包括华丽宝箱在内的多个奖励，并解锁隐藏成就大天云峠。迷宫内部还藏有两个雷神瞳，分别位于悬崖平台岩石内和宝箱房间墙面上，需注意收集。整个解谜过程需保持对机关状态的记忆，错误操作可能导致路径封锁，必要时可重置机关恢复初始状态。
