完成丰缘地区一周目后，二周目会解锁更多探索内容和挑战。首先需要从父亲处获得船票，这张船票允许玩家乘坐船只前往对战开拓区。同时博士会将图鉴升级为全国图鉴，解锁更多宝可梦的通信交换功能，但需注意梦幻等特殊宝可梦无法通过常规方式交换。建议优先捕捉御三家宝可梦，为后续对战做准备。水静市是二周目的重要枢纽，乘船时会遇到亚希达并获得第二张船票，用于前往更多区域。
对战开拓区是二周目的核心玩法之一，抵达后需使用开拓区通行证激活设施。对战塔是首个挑战目标，需完成单打和双打模式，双打需派出四只宝可梦。多人对战模式则需与NPC组队协作，注意连续作战时避免中途休息以免影响状态。对战胜利后可获得对战点数，用于兑换稀有道具或技能。若遇到神兽队伍难以应对，可先存档并提升队伍强度后再挑战。完成四次通关后，将遭遇特殊对手并赢得银象征等奖励。
对战工厂提供独特的租赁对战体验，玩家需从六只随机宝可梦中选择三只进行挑战。首轮对手通常为神兽队伍，建议优先选择噩梦神等强力宝可梦。第五轮和第七轮会遭遇设施首领，需提前调整战术。对战巨蛋则相对简单，可提前查看对手阵容并针对性派出克制属性的宝可梦。对战金字塔结合了迷宫探索与对战，底层隐藏的胡说树需用水属性技能触发战斗，击败后可进入山洞捕捉图图犬。
二周目还会解锁更多传说宝可梦的捕捉机会。完成特定剧情后，电视新闻会提示天空中出现红色或蓝色大鸟，玩家需在丰缘地区随机遭遇并捕捉。通过探索隐藏区域如天空之柱，可挑战烈空坐等神兽。部分支线任务如古辰遗迹调查或石之洞窟探索，也能获得稀有道具或宝可梦。建议随身携带吼鲸王等工具宝可梦，用于解决地形障碍或触发特殊事件。
二周目的整体难度较高，需合理分配资源并培养多属性队伍。对战设施和神兽挑战是检验队伍强度的关键，建议优先提升宝可梦的个体值和努力值。通信交换功能可补充队伍短板，但需注意部分宝可梦的获取限制。探索过程中多与NPC互动，部分隐藏剧情或道具需要通过多次对话触发。保持存档习惯以避免意外情况导致进度丢失。
